Per desenvolupar algunes de les seves activitats, la Fundació Nous Horitzons té integrats dos instituts:

• Triangle de Mar Blava:
  L'Institut Triangle de Mar Blava acull a representants del món acadèmic, cultural i polític dels territoris de parla catalana que, des d'una perspectiva d'esquerres, nacionalista i ecologista debaten i fan propostes de temes tan diversos com la llengua i la cultura, el desenvolupament econòmic, les infraestrucutres i el medi ambient.
• Institut per a la Recuperació de la Memòria Històrica:
  L’Institut per a la Recuperació de la Memòria Històrica ja està funcionant com a un espai de treball amb l’objectiu de posar en relleu i compartir aquells elements i trets que més han marcat les tradicions i cultures polítiques de les que Iniciativa se’n sent avui hereva. En el marc de la Fundació Nous Horitzons, l’Institut seguirà definint i gestionant el seu Programa d’Activit